Variabilná aplikácia hnojív (najmä dusíka) býva väčšinou prvou variabilnou aplikáciou, ktorú farmy realizujú. Prínos týchto aplikácií je okamžitý a umožňujú maximálne efektívne využitie dusíka na zvýšenie výnosu aj pri čoraz prísnejších podmienkach nitrátovej smernice. Variabilná aplikácia hnojív vychádza z toho, že treba k jednotlivým častiam poľa pristupovať odlišne, podľa toho, aký výnosový potenciál sa v jeho jednotlivých častiach nachádza.

Základným stavebným prvkom pre variabilnú aplikáciu hnojív je spracovanie mapy relatívneho výnosového potenciálu. Táto mapa rozdeľuje polia na jednotlivé zóny podľa toho, či je ich výnosový potenciál väčší alebo menší v porovnaní s ostatnými zónami. Zóny sa uvádzajú v percentách (napr. 95%, 100%, 105% atď) a vyjadrujú, o koľko percent je daná zóna lepšia alebo horšia ako priemer. Starostlivé spracovanie máp relatívneho výnosového potenciálu je teda základným kameňom správne vykonanej variabilnej aplikácie. Vďaka variabilnej aplikácii sa tak aplikuje správna dávka hnojiva a nedochádza k plytvaniu a zaťažovaniu životného prostredia, ako je to v prípade homogénneho hnojenia.

Keďže pánom poľa je vždy agronóm, je to práve on, kto rozhodne o tom, aké hnojivo a v akej dávke sa bude na pole aplikovať. Po zadani aplikácie v Portáli Varistar je aplikačná mapa nahraná na diaľku do terminálu stroja a aplikácia môže začať.